來自于色譜系統的污染主要指，HPLC儀器系統中部件磨損而產生的固體顆粒，以及流動相系統過濾不*殘留的固體顆粒。來自于樣品的污染主要指未*溶解的樣品或者已*溶解的樣品進入色譜系統中，由于樣品溶劑和流動相溶劑對樣品溶解存在的溶解度差異，導致沉淀析出污染系統。
特別是對于中藥 、天然產物、合成中間體及生物藥品的檢測，因基質的復雜性，色譜柱受污染的情況會更加嚴重。污染會導致色譜系統壓力升高、色譜柱塌陷、填料變色等，從而帶來檢測成本高，測試結果不準確等各種影響。
1、中藥、天然產物及合成中間體等基質較復雜的樣品分析--因溶解性差異導致樣品析出而污染分析柱的情況比較嚴重，梯度洗脫時影響更大。
2、生物樣品分析--因樣品的不可逆吸附導致的污染，保護柱可先于分析柱承受這種污染，從而延長分析柱壽命。
保護柱很重要，但選擇合適的保護柱更重要，選擇或使用不當也可能帶來截然相反的效果。
液相保護柱選擇考慮以下幾方面因素：
1、除非特殊情況，一般選擇填料基質與分析柱基質*相同的保護柱。
2、選擇保護柱尺寸可按柱體積計算，保護柱體積按分析柱體積的5%-10%即可；如4.6*250mm的分析柱體積約為4ml，保護柱體積可選擇在0.2-0.4ml之間為宜。同時，保護柱內徑應與分析柱內徑相同或相當。
保護住使用注意事項：
1、獨立式保護柱與分析柱連接時，連接管路盡可能短，且接口切面平常，盡量減少死體積以降低柱外展寬效應。
2、卡套式保護柱一般未標注液流方向，使用時最好自行標注，并按照標注方向來使用，以免正反向使用后，截留的雜質污染分析柱。
3、直接填裝的短柱型保護柱，出現柱壓升高或峰型變差時，可不接分析柱進行反向清洗，清洗溶劑可參考分析柱清洗溶劑。
4、卡套式保護柱，柱芯替換時，注意柱芯與柱套是否存在方向上的匹配，同時不易旋擰過緊，以防滑絲。
5、液相保護柱或柱芯一般不建議超聲清洗，因可能對填料表面修飾有影響。
6、如同一保護柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保護柱需先清洗并用流動相平衡保護柱一段時間后，再接分析柱使用。
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