分析保護柱是液相色譜分析中重要的色譜耗材，使用保護柱可大大降低分析柱受污染的程度，延長分析柱使用壽命。
分析保護柱使用注意事項：
1.獨立式保護柱與分析柱連接時，連接管路盡可能短，且接口切面平滑，盡量減少死體積以降低柱外展寬效應。
2.卡套式保護柱一般未標注液流方向，使用時最好自行標注，并按照標注方向來使用，以免正反向使用后，截留的雜質污染分析柱。
3.直接填裝的短柱型分析保護柱，出現柱壓升高或峰型變差時，可不接分析柱進行反向清洗，清洗溶劑可參考分析柱清洗溶劑。
4.卡套式保護柱，柱芯替換時，注意柱芯與柱套是否存在方向上的匹配，同時不易旋擰過緊，以防滑絲。
5.保護柱或柱芯一般不建議超聲清洗，因可能對填料表面修飾有影響。
6.如同一保護柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保護柱需先清洗并用流動相平衡保護柱一段時間后，再接分析柱使用。
保護柱與柱前過濾器的區別和使用：
使用保護柱的目的在于延長分析柱的使用壽命，當分析柱造價昂貴時，保護柱的價值尤其能體現，某些情況下，當使用的分析柱本身價格便宜，保護柱并非必選，推薦使用柱前過濾器更合適。
分析保護柱柱前過濾器與保護柱兩者外形相似，差異主要在于：保護柱內芯裝有填料，而柱前過濾器內芯是可更換的濾片（一般為帶孔的不銹鋼燒結板）
因此，從結構可以推測使用上的差異：
柱前過濾器——通用性強，任何分析柱前都可使用，因其濾芯只起到過濾和截留雜質的作用，濾片污染后可超聲清洗，反復使用。
保護柱——柱中填料除了起截留雜質的作用外，也可除去樣品中易吸附的雜質，這一點對生物樣品分析尤其重要。
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