初次將 UHPLC 用于小分子分離時，能得到很好的峰形，但是蛋白質峰的分離幾乎沒有那么好，因此通常不可能顯著縮短運行時間。然而，最近對蛋白質進一步改進讓UHPLC 可以提供更好的分離度和更短的運行時間。雖然 UHPLC 不能讓科學家始終看到蛋白質之間的所有差異，但它可以讓他們看到一些差異——例如，在大體形態、二硫化物異構體、脫氨基作用和蛋白質折疊方面。蛋白質研究人員使用不同的色譜模式來實現這一目標，例如反相色譜 ( RPC )、離子交換 色譜( IEX ) 和尺寸排阻 ( SEC ) 色譜。

       為了成功分離出蛋白質的細微變化，可以通過儀器控制在儲存和分離過程中具有生物相容性和準確的溫度控制來保護脆弱的蛋白質樣品免受外部因素的影響。許多蛋白質研究人員在質譜 ( MS ) 分析之前使用超高效液相色譜技術分離蛋白質。這可以很好地工作，具體取決于 UHPLC 分析的模式。

       色譜填料改進的粒子技術也對提高蛋白質分析有著顯著推進作用。傳統上，UHPLC 對小分子的定義特征是直徑小于 2 微米的全多孔顆粒柱。但是，這些對較大的蛋白質效果不佳，因為它們會導致背壓增加、液相色譜柱堵塞和其他儀器維護問題。對于這個問題，改進的色譜填料采用核殼顆粒（也稱為表面多孔、幾何結構、融合核或混合顆粒）由被多孔外層包圍的實心球形內層制成，可提高 UHPLC 的分離效率處理更大的蛋白質。

      恒譜生USHA和USHB系列填料從1.8粒徑到200、300甚至更大的粒徑都具有很好的重現性、選擇性和高分離度的優點。*的鍵合方式，可實現水相條件。不管是反相分析還是正相分析，都可以找到合適的色譜柱，能夠高效分析維生、類固醇、蛋白質、單糖、多糖、氨基酸等多種物質。

       UHPLC 的應用正在擴大，并且越來越多地包括生物治療藥物。核殼顆粒通常用于分離免疫球蛋白， IgG 療法是當今蛋白質治療工作的最大份額。未來可能超高效液相色譜會在核殼顆粒以及研究和生物制藥應用方面取得進一步的技術發展。作為化學和生物學的交叉點，用于蛋白質的 UHPLC 已準備好進入一系列有趣的應用領域。