質譜 (MS) 使研究人員能夠研究許多特性，例如樣品的分子量、結構、特性、數量和純度。當與液相色譜技術相結合能成為一種強大的分析工具，能夠從復雜的生物混合物（如牛奶、血清和全脂）中提取有關一系列化合物的有意義的數據，包括藥物代謝物、肽和蛋白質-細胞裂解物。

        一、液相色譜與質譜

        在將樣品引入 MS 儀器之前，通常通過過濾掉顆粒物、濃縮分析物、脫鹽和通常分離出可能導致背景離子或抑制電離的化合物來制備樣品。大多數情況下，許多或所有這些步驟都是由 HPLC、UPLC 系統完成的。樣品制備需要對樣品進行預處理。比如流動相進系統前，通過恒譜生溶劑過濾器過濾顆粒污染物。

        HPLC、UPLC 這些系統可以在高壓/低流速下運行，并且允許用戶通過直接連接、在線、與MS 通過電離裝置。如果是超高壓液相色譜系統，系統內部壓力非常高，對于色譜耗材也需要uhplc專用。2.1#超高壓UPLC保護柱預柱捕獲樣品中增加背壓和影響基線噪音的污染物，延長色譜柱的使用壽命。

        電離裝置的早期化身要求樣品在真空下電離，嚴重限制了可以分析的化合物的選擇。較新的技術，如電噴霧電離 (ESI)，現在可以在大氣壓下進行電離，從而大大擴展了曲目。一旦離子化，分析物（主要由水或質子或電子的添加或損失產生的離子）將與中性（不帶電的）分子進行機械和靜電分離。根據儀器的配置，允許所有或選定的子集通過檢測器，該檢測器繪制離子相對于信號強度（表示豐度）的 m/z 圖表。

        二、串聯質譜

        從單級 MS 獲得的 m/z 信息非常有價值，有時可用于識別小分子。但對于更大、更復雜的分子，通常需要互補的結構信息。通過 LC/MS 分析復雜的蛋白質混合物通常從胰蛋白酶消化過夜以產生肽開始，然后通過收集串聯 MS 數據在肽水平鑒定蛋白質。

         在串聯 MS 中，樣品依次通過儀器的不同階段，每個階段都會對其進行選擇或破碎等過程。例如，在三重四極桿 MS 中，第一階段選擇特定的 m/z 范圍，丟棄其余部分。然后，這些剩余的離子通過在第二階段與中性分子碰撞而碎裂。新破碎的離子然后進入第三階段，根據實驗，掃描產物離子的光譜或選擇性地監測一些離子。然后將這些光譜與實際或理論光譜數據庫進行比較，以確定它們的身份，使研究人員能夠將它們來自的母分子拼湊在一起。

        三、LC/MS 的其他用途

        LC/MS 的強大功能也經常用于識別蛋白質修飾，例如磷酸化和二硫鍵橋接。在 LC 提供的分離和串聯 MS 丟棄非分析物離子的能力之間，LC/MS 是許多不同應用的選擇。